Free! dimulai dengan empat anak laki-laki, yaitu Haruka, Makoto, Nagisa, dan Rin, sebelum mereka lulus dari sekolah dasar. Mereka semua berpartisipasi dalam turnamen renang dan memenangkannya, meskipun mereka berpisah. Bertahun-tahun kemudian, Haruka dan Makoto bergabung kembali dengan Nagisa saat Nagisa mendaftar ke SMA setahun setelah Haruka dan Makoto. Tidak lama setelah itu, Rin, yang diduga berada di Australia, muncul dan menantang Haruka bertanding dan Rin memenangkannya. Setelah itu, Nagisa memiliki ide untuk membuat sebuah klub renang dan menggunakan kolam renang yang rusak. Haruka, Makoto, dan Nagisa, dan kemudian Rei, membuat Klub Renang SMA Iwatobi dan bekerja sama untuk membuat klubnya sukses. Kemenangan Rin atas Haruka tidak berarti apa-apa baginya karena ia menyadari bahwa Haruka telah berhenti berenang kompetitif dan tidak dalam keadaan prima. Ia mengklaim bahwa dirinya tidak bisa melupakan fakta tersebut sampai Haruka bersaing terhadap dirinya dengan nyata. Para anggota menghidupkan kembali Klub Renang Iwatobi dan kemudian masuk ke dalam kompetisi berenang untuk melawan Rin.
